Merc Storia mengambil tempat di dunia di mana manusia dan monster hidup berdampingan. Tokoh protagonis, Yuu, adalah seorang dukun penyembuh dan memiliki kemampuan untuk menjinakkan monster. Dalam upaya untuk mendapatkan kembali kenangan Merc, seorang gadis yang terkurung dalam botol, pasangan itu memulai perjalanan.